A sztetoszkóp fertőtlenítésének gyakorisága a használati forgatókönyvtől és a környezettől függ:
A normál járóbeteg osztályokon, ha a sztetoszkópot csak általános betegeknél használják, és nincs nyilvánvaló szennyeződés, ajánlott heti 1-2 alkalommal fertőtleníteni.
A fertőző kórokozóknak könnyen kitett osztályokon, például gyermekgyógyászati és légzőszervi osztályokon, vagy olyan speciális területeken, mint a fertőző osztályok és az intenzív osztályok, minden használat után fertőtlenítést kell végezni.
Ha a sztetoszkópot több különböző beteg használja rövid időn belül, a legjobb, ha minden használat után fertőtleníti, még akkor is, ha az időköz rövid.